魏忠贤统领下的厂卫，所用刑罚之酷，更是令人发指。被称为“六君子”的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人都受过全刑，各打四十棍，拶敲五十，夹杠五十。杨涟受刑最多，五日一审。许显纯令将他头面乱打，齿颊尽脱；钢针作刷，遍体扫烂如丝；以铜锤击胸，肋骨寸断；最后用铁钉贯顶，立刻致死。死后七日，方许领尸，止存血衣数片，残骨几根。左光斗估计，锦衣卫狱对他，或是“亟鞫以毙之”，或是“阴害于狱中”，如果送到法司，或无死理，于是“靡焉承顺”。他也被五日一审，“河话百出，裸体辱之。弛扭则受拶，弛镣则受夹，弛抄与夹，则仍戴扭镣以受棍”。
另如周顺昌在狱中大骂许显纯，许显纯用铜锤击周顺昌齿，齿俱落。周宗建骂魏忠贤不识一丁，魏忠贤命以铁钉钉之，又使他穿棉衣，以沸汤浇之，顷刻皮肤卷烂，赤肉满身。魏忠贤专权时期，厂卫横行，造成了超过历次宦官专权的恐怖环境，这恐怕也是魏忠贤给后世留下的最深刻印象。魏忠贤本人、他的亲属和党羽，利用一切机会，谋求显赫的地位，阁臣和部院大臣按照常规，可得到公孤加衔，自不必说。像田尔耕加少师兼太子太师，许显纯加太子太保，却是不多见的。魏忠贤的族人中，荫封锦衣卫指挥使的有十七人，他的族孙和姻亲中有多人官至左、右都督及都督同知、佥事等。他的侄子魏良卿地位最高，封宁国公，加太师。另一个侄子魏良栋封东安侯，加太子太保，侄孙魏鹏翼封安平伯，加少师。后两人都还是襁褓中稚子。
