钟会、姜维既死，蜀中叛乱就此平息，而按照常理推测，蒙冤被囚的邓艾父子本应无罪释放。此时，押解邓艾的部队还在路上，所以他手下的将士们便打算追上囚车，将其释放后迎回成都。但卫瓘听到消息后，却是大为惊恐，因为在他看来，邓艾之所以被囚，不仅仅是钟会诬陷所致，他在其中也起到很关键的作用，一旦邓艾获释，自己绝不会有好果子吃。
所以，卫瓘为除掉心腹之祸，便派护军田续去追赶邓艾父子，并就地斩杀（“瓘自以与会共陷艾，惧为变，又欲专诛会之功，乃遣护军田续至绵竹，夜袭艾于三造亭，斩艾及其子忠。”见《晋书·卷三十六》）。在灭蜀之战中，邓艾无疑功绩最高，但最终却落得被冤杀的下场，消息传到中原后，朝野上下皆以为冤。
卫瓘以一己之力，用连环计除掉三位盖世名将，真可谓三国末期最阴毒的人物。等到益州被平定后，司马昭本打算重赏卫瓘，但后者大概是觉得于心有愧，坚持不接受赏赐。过了一段时间后，才同意出任新职务，而在曹魏灭亡前，卫瓘最终官至都督徐州诸军事、镇东将军，进封爵位为菑阳侯。
西晋创建后，卫瓘极受晋武帝的信任和器重，先是在青州、幽州两地驻守，后在咸宁四年（278年）入朝，担任尚书令、侍中，是实际上的宰相。卫瓘为人严谨，但为政却崇尚清简，对国家事务多有建言，因此深得朝野上下赞誉。太康三年（282年），卫瓘升任司空，仍兼任尚书令、侍中，权势、地位比之前更高。
永平元年（290年），晋武帝驾崩，惠帝司马衷即位，太傅杨骏执掌朝政。杨骏执政期间飞扬跋扈、党同伐异，激起朝野内外的强烈愤慨，皇后贾南风趁机鼓动汝南王司马亮、楚王司马玮讨伐杨骏，并灭其满门。杨骏被杀后，司马亮以太宰的身份入朝，与卫瓘一起辅佐朝政。司马亮、卫瓘执政后，建议让诸王回到籓国去，意在剥夺他们的实权，由此激起司马玮等人的愤恨。
此时，权力欲极强的贾南风为能掌权，也视司马亮、卫瓘为“眼中钉”，必欲除之而后快。在这种情况下，贾南风与司马玮合谋，以“谋图废立”的罪名处死司马亮，并诛杀卫瓘满门（“瓘不从，遂与子恒、岳、裔及孙等九人同被害。”引文同上），时在元康元年（291年）。卫瓘当年冤杀邓艾父子，如今被政敌灭门，也算是得到报应了。
