元朝灭亡后，瓦剌部又与明朝拉起了关系，向明朝内附称臣，还被封了王。当时，明成祖朱棣远征蒙古的时候，主要目标是蒙古鞑靼部，瓦剌一看机会来了，就开始侵占鞑靼的地盘。
当时，左右回旋明朝、鞑靼中间的瓦剌首领是马哈木，他死后把帝位传给了儿子脱懽。1434，脱懽灭掉了鞑靼部大部分，于是就想“挟天子以令诸侯”， 立元皇室后裔脱脱不花为可汗，自为丞相。
瓦剌部一直是很有野心的部落，待明成祖朱棣过世后，开始觊觎明朝江山，希望回复蒙元时期的统治。掀起这场战争的是脱懽的儿子也先。
朱祁镇
1449年，明王朝的皇帝以是明英宗朱祁镇。也先开始大举攻击明朝，兵分三路直指北京城。在宦官王振怂恿下，明英宗朱祁镇率兵亲征，最后被也先俘虏，史称为土木之变。也先本来想借着擒获皇帝勒索明朝，不过被于谦识破，后来又归还了皇帝，因此也有了假慈悲的称号。?
也先算是瓦剌部的精神领袖，而傀儡皇帝脱脱不花时刻想摆脱也先的控制。后来，也先一气之下杀了脱脱不花，自己当了皇帝，不过此举为瓦剌的衰落留下了祸根，后来被部下杀害。
也先死后，瓦剌部落分散，逐渐衰落，部落开始四散。此时，蒙古鞑靼部又兴起了，瓦剌部在鞑靼部打击下向西迁移并发生分裂，逐步分为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四部。直至150年后，瓦剌部的准噶尔部，又建立了一个汗国，这个王国就是准噶尔汗国。
准噶尔汗国的建立也是几代人的努力。1634年，准噶尔部的首领哈喇忽剌去世，其子巴图尔即首领，对外扩张疆土，并在1638年在博克塞里建成自己的城。巴图尔连续两次击退俄罗斯的侵略，迫使俄罗斯承认了准噶尔汗国，两国互通贸易。
噶尔丹
待巴图尔的儿子噶尔丹登上汗位后，准噶尔汗国地盘空前增大，他先后统一了西蒙古诸部， 征服了察合台汗国、土鲁番汗国的察合台汗。
此后的历史，很多人都熟悉，清朝的康熙皇帝与噶尔丹进行了多年的战争。直至1760年冬天，准噶尔汗国才正式灭亡，瓦剌部也告别了历史舞台。【参考资料：《元史》、《斡亦刺贵族与成吉思汗系联姻考述》】（作者：每日汉字）?
