双方各执己见，一会就争得不可开交，宋宁宗于是和起了稀泥，他说：“爱卿们所言都不无道理，蕲州乃军事要地，事关重大，就让秦钜先到蕲州任通判兼领守备事务。”于是，秦钜便到蕲州赴任了。达到蕲州后，秦钜修复城防，训练士兵，积极为抗金做着准备工作。不久，十万金军果然南下，一路势如破竹，攻到了蕲州城下。
为首的金将听说宋将乃是秦桧曾孙秦钜，大喜过望，当即说此城可以不战而下。他派使者过去劝降。使者到了蕲州城内，见了秦钜，说道：“秦将军勇猛过人，但也要识时务，当年先祖秦相国英明果断，独具慧眼，今天将军您也要向他学习，识大体顾大局，现在开城投降，可保荣华富贵。”没想到秦钜当场大怒，怒斥金国使者，果断决绝了他的劝降。而没想到使者临走竟然来了一句：“秦桧家也能出硬骨头？”
于是，秦钜与当时的郡守李城之一起据守城池，一面向朝廷求救，拼死抵抗。可是，他们的求救信发出去一个多月，南宋的救兵仍然未到。而且，因为南宋本身就有“恐金症”，金军又军力强盛，让两个守城的将领吓破了胆，他们开城逃跑，此时金军乘虚而入，攻入了蕲州城。秦钜率兵与金军巷战，终因寡不敌众，被金军一路追赶到了府衙。
秦钜命人点燃了府库，一点东西也不想留给金人，同时，他还要与府衙共存亡，誓死不走。有士卒想冒火救他，他却大呼：“我为国而死，你们速速求生去吧！”说罢，他投入熊熊烈火之中，包括他的儿子在内的7个家人也随他而去。秦钜虽然是秦桧后人，却能舍身取义，以死报国，也算是对岳飞致敬了！他死后，百姓为其建庙，皇帝为其题字。
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