由于种种原因，之后秦琼跟随裴仁基一起投靠了瓦岗军，当时瓦岗的主人是李密。也就是在这里，他又结识了一样好兄弟，人们所熟悉的程咬金也是他在这个时候认识的，瓦岗军当时也是比较出名的，并且实力也算比较强，但是最终还是没能存留下去，因为还有比瓦岗实力更强的王世充。所以在瓦岗一段时间后，瓦岗也被打败了，所以秦琼就投靠了王世充。
当时王世充还建立了郑国，成了郑国的君王，但是根本就没存在下去，很快就被李世民给打败了。不过秦琼这个人一向比较正直，在王世充身边的一段时间内，他发现王世充有很多地方都比较奸诈，所以对王世充并没有什么好感，甚至还很厌恶王世充这个人，所以之后就离开了王世充，再一次易主，去了李世民的阵营当中，之后就一直跟在李世民的身边。
随着事情的发展，李世民成了大唐的君主，因为曾经秦琼跟着李世民一起患难，所以他也深受李世民的信任，之后一直都很关心李世民，并且对他忠心耿耿。而秦琼成为门神，是人们根据《西游记》中的那个民间传说得来的，就是泾河龙王向李世民求救，结果被魏征梦斩，灵魂来找李世民讨说法，秦琼为李世民把门，泾河龙王不敢进，所以秦琼就成了门神。
