后来山海关守将吴三桂终于投向清军。李自成在北京得到吴三桂降清的消息后，即并亲率二十万大军于四月十三日北上讨伐吴三桂。清摄政王多尔衮率八旗军与明总兵吴三桂合兵，两军酣战至中午，吴三桂的军队被李自成的军队包围，难以突出重围，后来，潜伏在阵后的清军精骑全利出击，李自成军队阵势大乱，一朝溃散，随后就向北京撤退了。清军紧随其后，最终在山海关击败了李自成大顺军。
那么为什么来势汹涌的清军对鼠疫却有免疫没被传染呢，这还要从欧洲说起。在十四世纪的欧洲就爆发过一场大鼠疫，导致了上千万人的死亡，存活下来的人们在墙壁上记录下来了当时事件，后来经过史学家对壁画和文字的研究结果发现，虽然鼠疫害导致了上千万人的死亡，但是当时的骑兵却没有死亡，欧洲人得出的结论是：鼠疫的传播来自老鼠身上的跳蚤，跳蚤对马身上的气味过敏，所以骑兵很难被鼠疫传染。
而当时的清军，是马背上的民族，八旗兵丁主要以骑兵为主，自然条件的日趋恶劣，成了促使八旗兵丁身体强悍，加上他们是特有的渔猎民族，弓马娴熟。
