在很多演义小说和影视剧中，侯君集都是一个谋反者。但是我们翻遍了史料，却没找到他谋反的任何真凭实据，反倒是怎么看他都像三国时期的魏延魏文长。跟魏延一样，侯君集不是死于谋反，而是死于人缘不好，破鼓众人捶，硬是把这位战功赫赫的一代名将给捶死了。而侯君集至死也没有承认自己有谋反之心和谋反之罪，他临行前的一番话，不但令刽子手难以举刀，而且也令唐太宗李世民痛哭失声：“与公长诀矣，而今而后，但见公遗像耳！”《旧唐书》这段记载，并不是所唐太宗为了侯君集而从此不上凌烟阁，而是经常去观瞻侯君集的遗像——他也知道侯君集比窦娥还冤。
在《旧唐书列传十九》侯君集有传，而记载中所谓“侯君集谋反”，来自张亮的举报。那是在侯君集奉命西征灭了高昌国后，也干了一些烧杀抢掠的事情，结果被朝中大佬交章弹劾。凯旋的侯君集面对的不是鲜花和掌声，而是铁窗和镣铐：“及京师，有司请推其罪，诏下狱。”其实灭敌国而顺手抢点东西，历朝历代君王不但睁一只眼闭一只眼不会追究，甚至还会暗中鼓励——抢掠实际上也是削弱敌人的发展潜力减少后患。于是中书侍郎岑文本上书为侯君集鸣冤：像侯君集这样于朝廷有大功的人，不应该受到这样的屈辱！
岑文本给唐太宗举例：西汉陈汤矫诏斩了匈奴郅支单于，“汤素贪盗，所收康居财物，事多不法”，但是汉元帝还是封他为关内侯，赏黄金百斤；晋代龙骧将军王浚平吴之后，抢光了吴国宫廷宝物，连孙皓的宫殿都一把火烧光了，可是晋武帝司马炎还是封王浚为辅国大将军襄阳侯，赐绢万匹；隋朝韩擒虎灭了南陈，不但烧杀抢掠，而且放纵士卒“暴乱叔宝宫内”，隋文帝杨坚还是授予韩擒虎“上柱国”的勋号，又赏赐了八千段绸缎。岑文本总结说：历朝历代远征的将士，在敌国境内抢点东西，是一种激励机制，不能因此定侯君集的罪！
