到了洪武二十年，随着锦衣卫的影响越来越大，天下之人无不闻风丧胆，朱元璋也发现了他们地胡作非为，于是将审理案件的权力转交给了三法司。如此反复，其实朱元璋的政治目的已经达到，一方面可以彰显自己的宽仁又能吓唬朝中大臣，这样的政治手段实在高明。
朱元璋怎么也没有想到，他临时设立的特务组织，在他的好儿子朱棣的政治需要下，将特务政治再次“发扬光大”。朱棣登上皇位后不久，就立即恢复了对锦衣卫的重用，特务的权力在被不断的强化。
与此同时，朱棣的发明精神也在不断闪光，除了恢复锦衣卫外，他还设立了东厂这个名声比锦衣卫还臭的特务部门，宦官渐渐有了“出使、监军、分镇、刺探情报”等等权力。比起朱元璋，朱棣对特务统治的需求更加急迫，毕竟他的皇位是抢过来的，相当心虚。他更想知道他的文武百官和天下子民在想什么。东厂建立之后，他们甚至还要负责监督锦衣卫。
东厂的首领一般情况下都由掌印太监负责担任，手下有掌刑千户、理刑千户、役长、档头、番子、干事，等级从上到下，而这些中层干部与基础职工全部都从五肢健全的锦衣卫里面进行选调。换言之，锦衣卫从这里开始就变成了东厂的配角，而东厂的权力比起锦衣卫也是有过之而无不及，在他们的工作程序里面是可以跳开所有的司法程序直接进行逮捕与审讯，二者结合可谓“天下无敌”，在那个年头你要是被他们盯上了，就等着家破人亡吧。
锦衣卫和东厂以及后来的西厂、内行厂并称“厂卫”，此后的二百多年间，他们成为了明朝政治“残忍”的代名词，他们是皇帝进行制约朝臣、进一步强化皇权的高级工具。
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