孝陵在明清两朝都没有遭受任何破坏，直到太平天国占领南京，在此建都后，才被人为的破坏过。相传洪秀全刚占领南京时，对朱元璋这位汉族皇帝还算尊敬，不但没有打歪主意，还亲自前往祭拜。但是随着太平天国内讧，又被清军长年包围，缺衣少食的太平军将士就打算盗孝陵。一万多名士兵在将领的率领下，把明孝陵挖得千疮百孔，表面建筑突然无存，但最终也没能找到地宫入口，只得作罢。太平天国灭亡后，清朝廷让两江总督负责修缮明孝陵，曾国藩花了千多两银子让村民把挖开的泥土回填，应付一下了事。民国时期，很多军阀土匪都打过明孝陵的主意，但是不管使用什么方法，依然没有能够得逞。
新中国成立后，有考古专家申请发掘明孝陵，没有被批准，但是对其墓室结构的考察和研究一直没有停止过。经过考古专家使用现代科学仪器对明孝陵的地下空间进行定位，发现明孝陵的墓室通道不是传统的直线形，而是极为罕见的曲折形，当然选择这样的墓道并非是为了防盗，而是孝陵所在地的特殊地质环境导致的。孝陵地下有多种种不同的岩层，有非常坚硬的砾岩和花岗岩，也有相对松软的石英岩。工人施工时，避开坚硬的岩层，拐弯选择相对松软的石英岩开凿墓道，也许当时只是为了不耽误工期。却不想倒成为了防止盗墓的有效屏障。这样的墓道非常容易迷惑盗墓者，并且填充夯土后打盗洞相当困难，让孝陵得以保存至今。
还有一个让盗墓者望而却步的地方就是明孝陵的要害部位都人为的堆放了很多鹅卵石，这些鹅卵石是做什么用的呢？就是当墓室被盗墓者掘开以后自动回填的防盗装置。所以说有这么多让人意想不到的因素影响着盗墓者发掘明孝陵。故而能够保存至今不被盗，还是有它的客观原因的。
