对于朱元璋来说，东面和南面是元军，东南是张士诚，西面是徐寿辉，而两个反元武装的威胁，比起元朝更容易让人警惕。在此刻，起义军内部，也出现了裂痕。
起义的红巾军犯了过去农民起义最常见的一个错误，那就是大伙都发达了，也就忘记最初的梦想了，开始不忙着消灭元朝，而是如何扩充自己的地盘，其中徐寿辉称帝在武昌，张士诚称王于苏州，为此，张徐二人，对同样称帝的小明王韩林儿十分敌视。好在韩林儿率领的红巾军主力，牵制住了北方的元军，又制衡了南方的二人，朱元璋才获得一个很大的发展机会。
最终朱元璋发兵，从采石矶偷渡长江，攻克南京，继续向南进攻，攻打下了浙江的金华、衢州。这也是他在称帝前，最后的抗元军事行动，在之后几年，朱元璋主要对付的，则是同为起义军，将自己夹在夹缝当中的陈友谅和张士诚，这两人都不是简单的人物，而他也接受了学士朱升的建议：“高筑墙，广积粮，缓称王”。在此时，刘福通则不断向北发展，北路以关先生为首，沿山西一直打到元朝的大都。东路以毛贵为首，打下了山东。西路以白不信、李喜喜为首，一直打到陕西凤翔。
元朝廷自然也不可能束手待毙，他们启用的察罕贴木尔，是一位作战极为优秀的将领，多次利用腐败积弱的元军，以少胜多的击退了农民起义军，守住了大都。
但是到了后来，元朝内部发生了冲突，察罕贴木尔被附属所杀，元朝最终失去了最后的希望。但是正所谓百足之虫死而不僵，推翻它对于起义军来说也耗费了极大的能量，从如今来看，朱元璋消灭的元军有生力量，应该不过10分之3，但是他在动乱时候，懂得积蓄自己的力量，最终也算是捡了一个大便宜，赢得了皇位。
当然了，这个便宜，也是针对其他起义军而言，朱元璋自然也是付出了无比沉重的代价，才获得成功，但是历史上，这种事情其实并不少见，瓦岗等起义军颠覆了隋朝，却是李唐赢得了天下，而李自成张献忠推翻了明朝，最终还是清军笑到了最后。
