因为这层关系，徐辉祖更是担心朱棣会造反，所以多次对建文帝朱允炆弹劾朱棣，让朱允炆小心自己的叔叔朱棣，但是这些话朱棣都没有相信。
徐辉祖在北平的时候，发现燕王朱棣的亲信阿鲁帖木儿非常可疑，于是就处死了这个人，而且，徐辉祖还是朱棣的小舅子，朱棣娶了徐辉祖的姐姐。
照理说有这样一件事，朱允炆应该是对徐辉祖的忠心毫无怀疑了才对，但是事实证明，朱允炆的确不是一个好皇帝。
朱元璋忌日的时候，朱棣派了自己的三个儿子去京城参与拜祭仪式，这个时候徐辉祖告诉建文帝，朱棣的儿子朱高煦凶猛彪悍，而且天生反骨，恐怕日后会对朝廷不利。
