回到朝中后，侯君集被关了起来，不过李世民念他有大的军功，便把他赦免了，而这时候的侯君集仍然对太宗充满了怨恨，并且萌生了造反的心思。
对于侯君集的心思，李世民一看就知道。事后，侯君集联络太子李承乾，天天准备谋反的事情，侯君集的妻子看他每天心神不宁，就知道侯君集一定有事，妻子还劝说侯君集，如果做了对不起国家的事情，一定要到皇帝那里认罪，然而，侯君集并没有听从妻子的话。
之后，侯君集造反的事情被李世民知道了，李世民对他的举动非常生气，经过李世民和群臣商量，大臣一致要处死他，最后李世民不得不判处侯君集死刑。
李世民问侯君集的遗言，侯君集说自己对不起皇上，希望看在自己的面子上，不要杀妻子和儿子。李世民对侯君集说，你放心的走吧，我会将你的妻儿流放到岭南，而且会赏赐你儿子两个美人，让美人终生做他的奶娘，到死都有奶吃。这样的安排确实非常奇葩，真不知道李世民怎么想的。
其实，侯君集的死谈不上李世民杀开国功臣，毕竟侯君集有错在先，所以侯君集的死是自作自受，怪不得别人。
