据说孜珠寺是由藏王穆赤赞布所创建，到活佛罗丹念布时代，进行过一次扩建，并刻印经书、塑造佛像，孜珠寺初具规模，如今这座寺庙已经成为全藏区最大、信徒最多的苯教寺院，也是研究藏族古老雍仲苯教的重要场所。
公元十四世纪，本教掘藏大师和大圆满成就者罗丹宁布大师复兴了孜珠寺，并在孜珠寺开坛讲修，后来在历代孜珠寺活佛和大师们的艰辛创业下，孜珠寺从建筑规模、僧人数量、学经体系和跳神风格等方面，都对昌都地区后来的宗教发展产生了重要影响。尤其是当佛教在藏区大部分地区占了统治地位之后，苯教在以孜珠寺为中心的地区生存了下来，这使得孜珠寺在苯教寺庙中享有极高的声誉。