历史学家对万历皇帝的评价也不高，著名历史学家黄仁宇还曾经写过一本书，名叫《万历十五年》，意思也是指万历15年，明朝彻底由盛转衰。
这些人批评万历，无非就是因为他30年不上朝，纵容太监在朝中独揽大权，胡作非为。所以，很多人认为万历皇帝在位期间，消弱了明朝的根基，成为明朝走向衰败的开始。
但是上世纪50年代，当人们挖开万历皇帝的陵墓的时候，大家才知道万历皇帝为什么30年不上朝的真正原因。1956年5月，以郭沫若为首的中国考古队对万历皇帝的陵墓展开了挖掘，当时中国的考古技术还十分落后，当挖开古墓以后，很多古董都当场氧化，成为一堆废品。
人们打开万历皇帝的棺椁之后，人们惊奇的发现，万历皇帝左腿伸直，但右腿却弯曲，无论是棺内万历右腿蜷曲的痛苦形状，还是尸骨复原后，右腿明显比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾。
原来万历皇帝30年不上朝，不是因为他很懒，而是因为他得了重病，然而史书上却没有万历皇帝是残疾的记载。可见这个残疾是万历皇帝成年之后形成的，在《诏对录》中有记载，万历皇帝平时就很少出席各种活动，并且遭到大臣们的非议，万历皇帝解释自己腿脚有病，触地就疼痛万分。
