但是没有加入李世民或者李建成也不是秦琼能决定的，因为这些都是李渊安排的。因为李渊当初是没有想着会发生什么玄武门之变这种事情的。所以就干脆没有太多的去留意李建成的安危，也没有给他一些有助于他的人，唯一的就只是给了他一个魏征。但是魏征只是一个有计谋的人，是没有武力值可以帮助李建成的，更没有办法保护他的安危。
但是与此待遇不同的就是最后的赢家李世民了。因为常年征战的原因，所以李世民的安危李渊是十分在乎的，所以在人手上对他的照顾也就额外的多。于是，秦琼被分给李世民。程咬金也是。再加上李世民自己收服的尉迟敬德，这无非是可以想打谁就打谁了吧？完全可以在皇城横着走的。虽然可能秦琼没有十分愿意的给李世民卖命，但是也没有别的办法。所以秦琼也一直是李世民手里的一把刀。
不过，李世民有了秦琼啊，就像是如虎添翼了。因为秦琼自己本来就是个人才，自己还十分会收买人心。不仅是程咬金对他十分的信服，基本上就是让他干啥就干啥的。在李世民的阵营之中还有不少人也是差不多都是跟着秦琼的。只是皇帝李渊让他跟了李世民，他也不能说什么。但是假如皇帝李渊把秦琼给了李建成，那结果有很大的可能就是不一样了，历史都有可能改写。假如真的秦琼站在李建成一派，说不定李世民就不会制造什么玄武门之变了，李渊也就不会同时在同一天失去那么多儿子了。
