就在孙之獬沾沾自喜的时候，新上任的崇祯帝，却开始对魏忠贤实行大清算。并把魏忠贤指使顾秉谦等人编撰的《三朝要典》下诏焚毁。孙之獬听到后，抱着《三朝要典》在太庙门口大哭不止。崇祯很不高兴，"削孙之獬籍"，革去了他的官职，打发他回家了。
丢了官的孙之獬，对明朝的感情也就可想而知了。所以当清军入关后，他便率乡民归顺了清朝。
由于他在明朝做过官，又是清军入关后主动归顺的第一拨人。多尔衮对他极为厚待，给他封了个二品官礼部侍郎。
多尔衮这样做，完全是给那些尚未归顺的明朝官员看的。意思是说，孙之獬一个被罢了官的人归降都受到厚遇，你们那些在职的官员，只要投降了我，待遇自然会更好。
当时，由于清朝才在北京建都，政权还不稳固。为了拉拢汉官，多尔衮对他们的管理也比较松懈，允许他们像以往一样，穿着明朝官服上朝。于是，朝会上，自然就分成了满族官员一列，汉族官员一列。
