1398年，明太祖驾崩，新上位的建文帝在齐泰和黄子澄的建议下开始削藩。朱允炆也知道燕王朱棣实力雄厚，所以先拿周王朱橚、湘王朱柏等小藩王开刀。当朱允炆把屠刀对准燕王朱棣时，姚广孝劝朱棣起兵造反。朱棣犹豫不决，毕竟朱允炆在当时才是正儿八经的皇帝。他问姚广孝："民心向彼，奈何?"姚广孝答："臣知天道，何论民心?"与此同时，姚广孝还将相士袁珙、卜者金忠推荐给了朱棣，在二人的言语攻势下，朱棣越来越觉得自己才是真命天子。
这些人的话给朱棣吃了一颗定心丸，他开始打出靖难的旗号，以诛杀黄子澄、齐泰为名，挥师向南。当朱棣带人袭取大宁时，南军主帅李景隆趁势围攻北平。当时正是姚广孝指挥将士守卫城池，击退南军的进攻。后来他又命士兵在夜间用绳子吊出城外，与朱棣援军内外夹攻，这才大破南军。朱棣兵至济南时，因为济南城守将铁铉的强硬，所以导致久久未能攻下济南城。是姚广孝让朱棣班师回北平，朱棣才开始撤军。后来在姚广孝的建议下，朱棣绕过济南城直击南京，这才取得靖难之役的成功。所以姚广孝在军事上的谋略，并不弱于刘伯温等人。
朱棣在登基称帝后，拜姚广孝为资善大夫、太子少师。他每次与姚广孝交谈，都称其为"少师"，而不直呼其名。按理说，姚广孝这位靖难第一功臣，在朱棣靖难成功后高官厚禄，应该好好的享受生活，但他却只当官而不享受，每天依旧住在寺庙里。后来朱棣赐他豪宅宫女，姚广孝也没有接受。赠送他的黄金，他则在返乡时，全数送给了宗族乡人。
