清代文人甘熙就不认可，其所着的《白下琐言》称，朱元璋花了几百万的银子，造了十几年(洪武九年即1376年，朱元璋决定在此建造自己的陵寝)，总不应该为马皇后一个人造的吧。而且，朱允炆是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
后来又传出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。清人赵执信《万岁殿》称，"明祖手持一杯酒，布衣刘季真吾友(太祖祭历代帝王庙，惟汉高祖前加酒一杯，理由是只有刘邦和他一样，是从个平民老百姓当上皇帝的，即'惟公与我起布衣而有天下'一说)煤山万寿耸峥嵘，犹是因依万岁名。"
后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，"万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事?"我也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来?
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开!但这个日子恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，很遥远，这也是说，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，仍将是一个谜!
