公元洪武三十一年（1398年），朱允炆为了提防燕王造反，朱允炆任命张昺为北平布政使，谢贵、张信为北平都指挥室。又让宋忠屯兵开平，调走燕王管辖的军队。朱棣这个时候非常明白，前几位藩王都被削，自己也难逃厄运，一边争取时间一边做战争准备！
建文元年（公元1399年），朱棣假意将官属全部捆缚，让张昺、谢贵到府里查验。两个人进府以后，朱棣派送把他们擒获，连通叛变的葛诚、卢振一块杀害，当天夜里，朱棣攻下北平九门，并控制了北平城。
朱棣为自己发动“靖难之役”，找了一个合适的借口，《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣以齐泰、黄子澄为奸臣，为理由必须诛讨。靖难之役当中朱棣的口号为“清君侧、靖国难”。
朱棣的兵力不过30万，而建文帝有百万大军，兵力悬殊非常大。建文帝之所以失败，是因为他拜李景隆为大将军，把60万兵力全部交给他。然而李景隆却在郑村坝、白沟河丧失数十万军队，朱允炆在形势难以挽回的时候，才把李景隆召回。
朱允炆对李景隆非常宽容，而李景隆却恩将仇报，等朱棣的军队逼近南京的时候，李景隆却开门投降，南京失陷。这个时候的朱棣成了大明王朝名副其实的第三位皇帝。
