我们都知道孝庄是一个非常厉害的人，扶持八岁的康熙上位，助他擒鳌拜，平三藩。康熙从小在孝庄身边长大，对她很是亲昵依赖。后孝庄病重，康熙想上天祈祷，愿用自己十年寿命换得孝庄多活十年，可孝庄不久后还是去世了。孝庄死后本应跟顺治葬在一起，可康熙舍不得她，就要将她葬在慈宁宫。大臣们一听，立马反对，说皇宫从来都是住活人的，哪有葬四人的，皇宫是龙脉所在地，会影响国运，请皇上以江山社稷为重。康熙只得将孝庄葬进皇陵，可却把孝庄的画像牌位供奉在慈宁宫，供人祭奠。
乾隆继位后，为了表达对康熙的敬重，乾隆的母亲纽祜禄氏，没有搬进慈宁宫，而是住进了寿康宫，一直延续到慈禧。慈禧并没有搬进寿康宫，而是一直住在储秀宫。因为她在那生下了同治唯一的儿子咸丰，所以她觉得那是她的福地，所以一直没搬。还有一个原因是她除掉了当时的顾命大臣，自己垂帘听政。不想背负骂名，就说自己其实一点都不想这样，只是为了大清江山才这样，要不然我连太后都不愿做，所以我也不搬进象征着太后身份的宫殿。
综上个所述，慈宁宫之所以孝庄以后无人再住，并不是因为不干净，而是因为当时掌权人自己的原因。
