尽管孝陵的防盗措施很严，对盗墓贼的惩罚也很严，但却依然防不住“天外飞客”对孝陵的破坏。据史书记载，明孝陵在600年的历史岁月里，屡遭火灾，屡遭兵乱，火灾的影响是把孝陵的宏伟建筑烧的残破不堪。而兵乱的结果是孝陵外面可以搬走的值钱文物几乎都被洗劫一空。比如说1853年清军与太平军之战，使得明孝陵仅存下马坊、禁约碑、内红门、碑亭中壁、石像路、方城明楼下部等砖石建筑，其余建筑俱毁。
当然，明孝陵虽为朱元璋陵寝，但是中却疑团重重，据说朱元璋去世后，下葬时，在13个城门同时出殡，其尸骨所葬之地也就成了不大不小的谜团。
那么，朱元璋究竟有没有葬在明孝陵呢？
新中国成立后，明孝陵成了重点保护的文物。期间尽管多次对其进行考古，但收效甚微。直到1998年，南京市文物专家采用高科技手段，采用精密磁测手段勘测明孝陵。结果花了整整六年的时间，专家们得出2点惊人答案：一是朱元璋沉睡在明孝陵独龙阜地下数十米处的地宫中。二是地宫600多年来完好无缺，从没有被盗过。
朱元璋地宫位置终于明确了，其入口却又是个不大不小的谜团。
