然而，建文帝因顾忌朱棣实力而采取行动更为谨慎，这样一来反而给了朱棣准备时间。建文帝年轻温和，无治国经验，比不上他那些雄才大略的叔父。燕王朱棣1380年就藩北平，屡立战功，在诸位藩王中最得朱元璋赏识，然而册立为太子时思虑再三还是选择了嫡长子朱标，心中已有不满。
1399年，朱棣以“清君侧”为名，起兵发难，史称“靖难之役”。建文四年（1402年），朱棣攻入南京，得登大位，而建文帝从此下落不明，史书也无此记载。关于为何朱元璋不把皇位传给自己最有能力的皇子朱棣呢？专家分析可能有以下几种原因。
首先朱棣身世成谜，很有可能不是马皇后生子，朱元璋认为嫡长子宜登大位，因此没有选择朱棣。其次，很可能朱元璋认为自己已打下了百年基业，开创明朝，接下来需要一个治理国家，守住江山的皇帝，显然朱棣更擅长打江山，不是即位皇帝的最佳人选。朱允炆性情温和，学儒学，向往仁政，心胸仁厚，会是一位民众喜欢的好皇帝。
