因为饮用水的携带体积较大，长时间的飞行任务很难代购可供饮用的水，有那个空间能带更多的食物，所以宇航员不得不饮用循环水来维持生命所需。为了防止循环系统部件损坏，通常还会携带相应备份部件，易于更换和耐用的要求，让太空马桶的设计价格高达千万美元。
在太空科幻电影中，空间站和飞船看似十分宽敞，但目前空间站的舱内活动空间很狭小，在太空中上厕所很不方便随之而来就有一个"致命问题"，那就是厕所的味道久久不能散去;虽然马桶有空气净化功能，但并不能保证气味被完全的吸收，加上欧美人本身体味较重，空间站环境可以说是较为恶劣。
空间站上产生的百分之25的废物都是排泄物，如何进行回收就成了一个问题，目前经过干湿分离后排出的粪便都会被抽近一个防水密封袋，在货船前来进行补给时，这些密封单会被放进回传，等到再回大气层的时候，就会和其他的废物垃圾一同燃烧殆尽。