后来，大臣们觉得“思宗”这个庙号并不太妥当，有不好的意思。而且晋朝统一三国后，曾给刘禅上了思宗的庙号，刘禅昏庸，且是亡国之君。大臣们此时并不认为大明已亡，所以崇祯不是亡国之君，而且崇祯也并不昏庸。所以决定将崇祯的庙号改掉，最后改为“毅宗”。
但是弘光政权在建立后的第二年就垮台了，福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等人又推举唐王朱聿键为皇帝，改元隆武。这就是南明的第二个政权，史称隆武政权。后来的隆武政权又把崇祯皇帝的庙号拿出来炒冷饭，将弘光政权的“毅宗”改为“威宗”。隆武政权存在的时间更短，不久后也被清朝政府打败了。
史学界一般不承认南明政权，但是却常常使用南明政权给崇祯皇帝上的“思宗”，“毅宗”这两个庙号，就这样执掌大明王朝十七年的崇祯皇帝，不仅凄惨地死在景山上的那颗歪脖子树上，连后世对他的庙号都很难得到一个统一的共识。
