秦钜到任后，积极修缮防御工事，训练士兵，做好抗敌准备。面对十万金兵南下，秦钜与郡守李城之协力御敌，一面告急朝廷，求援于武昌、安庆，一面率领三千将士及全城百姓屯粮抗战，英勇杀敌，拼死坚守。抵抗一月有余，援兵依旧未至，蕲州终是寡不敌众。城破，秦钜率其亲随在巷内与金兵对战，伤亡惨重。秦钜赶回府衙，命令差役刘迪点燃仓库，不给金兵留下钱粮。随后在屋中点火自焚。有老兵想冒火救他，秦钜斥责道：“我为国而死，你们自己求生去吧。”说罢，跃入熊熊烈火中，以身殉职，其家人也同他葬身。
秦钜殉国后，当地百姓为了纪念这位英雄，为他在蕲州城建了庙，皇上还亲自为其庙赐额，御题“褒忠”二字，并封他为义烈侯。所以后人评价：秦钜因是秦桧养子的后代，一生被冠以奸臣曾孙之名，但其本性善良，且文武双全，立志报效国家，即使只任通判，亦竭尽所能，有领兵之能。可见秦钜堪称能臣，而他的表现也堪称忠臣，与他的曾祖父秦桧还真不是一路货色，这也警醒世人，一失足成千古恨，自己犯错也可能会殃及子孙，必须慎重。
