大都督崔长仁是文献皇后表兄，触犯国家王法，按律当处以斩刑，隋文帝看在皇后情面，有意赦免其罪。皇后进谏说：“国家之事岂可顾私。”遂将崔长仁处死。
皇后异母兄弟独孤陀因酗酒逞凶残害百姓，曾受过皇后指责，故而怀恨在心，常以猫鬼诅咒皇后，按律当斩。皇后虽然气得三天没有进食，但最后还是请求文帝免其罪，皇后说：“如果独孤陀蠹政害民，妾不敢为其说情。但如今独孤陀是因为诅咒我而犯罪，所以我敢请求救免他。”于是独孤陀被免死。
除此之外，文献皇后还很有政治才能，每当与隋文帝议论国家大事，看法往往不谋而合，十分一致，故而宫中称为“二圣”。
隋文帝和皇后十分恩爱，隋文帝还曾发誓“誓无异生之子”并且遵守了誓言，隋文帝的10个儿女，都是皇后所生，这在皇室是很少见的。也许是爱到深处，皇后很爱吃醋，并且特别反感对爱情不忠的人。
身为皇帝，三宫六院，怎么可能没有别的女人。尉迟迥年幼的孙女尉迟氏进入了隋文帝的眼帘，结果，皇后听说后，直接派人将这个年轻的女子乱棍打死，气的隋文帝离家出走。最后皇后道歉，才将隋文帝接回宫中。“单骑从苑中出，不由径路，入山谷间二十余里。”最后在左右仆射高熲、杨素的劝解下，隋文帝长叹一声，说：“吾贵为天子，不得自由！”又调转马头，回到了后宫，独孤皇后也主动谢罪，夫妇俩才和好如初。
宰相高熲原配夫人去世之后，伤心欲绝，曾对皇后说：“瑟弦骤断，唯斋居诵经而已。”结果不久之后，传出高颖爱妾生子的消息。这下皇后可气坏了，心说这高颎表面上痛念亡妻，暗地里却宠爱小妾，万一再把自己老头教坏了怎么办？于是在杨坚枕边吹风，说高颎不是好人，最后杨坚只好把高颎以“表里不一，不堪信任”之名罢免，让他回乡养老去了。
