唯一令人诟病的则是朱元璋手下大将常遇春，常遇春能力出众，是天生的将才，不过他有个很不好的毛病，就是喜欢屠城。朱元璋曾严令要求其收敛锋芒，这才稳定了局势，否则民族矛盾将进一步激化，平定蒙古可能会花更久的时间。
朱元璋在渡江之后，曾发布命令：
“揭榜禁剽掠。有卒违令，斩以徇，军中肃然。”
禁止抢夺劫掠，如果有士兵违背军令，将以军法处置。战争是人祸中最为可怕的，无数人将因此妻离子散、失去生命，而正是朱元璋开明的政策，挽救了无数人的性命。
在攻下集庆后，朱元璋仍没有滥杀无辜，而是出榜安民。史料记载：
“元政渎扰，干戈蜂起。我来为民除乱耳，其各安堵如故。贤士吾礼用之，旧政不便者除之，吏毋贪暴殃吾民。”
元朝腐败残酷，造成烽烟骤起，我只是来为民除害，请大家各自如故，有贤能的人我们会按照礼法重用，不合适的律法将会去除，官员不可以虐待百姓。百姓因此欢呼雀跃，朱元璋安抚众民后，便改集庆为应天府。
朱元璋创立大明后，曾发布这样一份诏书：
“昔元祖入主中国，子孙怠荒，罔恤民艰，天厌弃之。君则有罪，民复何辜！前代革命之际，兵戈相加，亲如仇雠，朕实不忍。尔诸将帅克城之日，毋掳掠，毋焚荡，毋妄杀人，必使市不易肆，民安其生。凡元之宗戚皆善待之。”
元朝统治者占领中原，子孙荒唐怠政，百姓痛苦不堪，连老天都对其厌烦。作君主的有罪，跟百姓有什么关系。我对部下有着严格要求，不能抢掠、不能胡乱杀人，不能骚扰百姓，元朝的宗亲要善待。朱元璋对元朝人已经算是仁至义尽了。
在建立大明后，中原地区的很多蒙古人撤到北方草原，但仍有几十万蒙古人留了下来，处理这些蒙古人便成了麻烦的问题。如果朱元璋一声令下，让军队把这些人全屠掉，也是分分钟的事情，不是朱元璋没有这个能力，而是他考虑得更多。
开明的民族政策
朱元璋深知解铃还须系铃人，要想化解民族矛盾，那就得善待这些蒙古人，当然了，这些蒙古人也必须服从管理，有作奸犯科者要重罚。为了解决这些棘手的问题，朱元璋发布了一系列政策。
