明代的军事体系集历代之大成，试图通过卫所屯田、转变中央与地方的军事领导体制，树立新的指导思想，应用西方新型的军事技术等种种方式，以确保国家的长治久安。明王朝庞大复杂的军事体系，在长时间地运行和转变之后，积累了愈来愈多的顽疾，成为影响明王朝灭亡的核心因素。从明朝中期开始，较为完善的军事体系在国家内外交困的环境下愈来愈显得弊端重重。
朱元璋
明代税收不断增加，财政支出及贪官搜刮却有增无已，公款吃喝、送礼之风甚嚣尘上。明王朝虽然极力科派与搜刮，却没有改善中央的财政状况，科敛的财富不是弥于边费，便是耗于上下的腐败(浪费、奢侈、中饱私囊等)。明朝中后期，太仓银库赤字非常严重，各个时期赤字的数额分别为，正德时期351万两，嘉靖七年111万两，隆庆元年345万两。万历前期收支暂时平衡，万历后期再度亏空。三饷加派实行后，将近200。万两的负担又加在了中、小土地所有者身上(万历九年以后天下赋税总额本为1461万两)，这就使得许多人失去了衣食之源。再加上多年来累于边晌、藩傣之供的北方诸省(宗室多封于北方)又连遭大旱，使这些地区的怨兵饥民等揭杆而起，汇成了反明大起义的滚滚洪流，明王朝也终于被这股洪流所淹没。
魏忠贤
宦官制度的弊端也逐渐凸显:1.宦官机构庞大。在朱元璋设立的宦官制度的基础上从九监、二库、六局扩展成为二十四衙门——二监、四司、八局。2.人员膨胀。从洪武时期的数百人膨胀到明末的数万之众。甚至有文献说“宫女九千人，内监至十万人”。3.宦官势力渗透到明帝国经济、政治的方方面面。不仅在朝廷中手握重权，随心所欲，而且在各地更有无数守备太监、镇守太监等。太监势力还深入到财税和经济领域，掠取财富。同时，主宰东厂、西厂等特务机构残酷迫害正义人士和普通民众。难怪万历时期的大学士、首辅朱赓说:“今日政权不由内阁，尽移于司礼。”
