不过在武德年间，芳林门正好位于李世民秦王府所在的弘义宫与玄武门之间，还是李世民部属进入秦王府和离开长安城的必经之路。因此芳林门对秦王府的意义远胜于对皇帝和朝廷的意义。
李世民的秦王府位于该图的标识位置
以李世民君臣的才华智谋肯定为政变可能出现的最坏局面制定了预案。根据史书的蛛丝马迹推测：如果击杀李建成和挟持李渊都没成功的话，李世民集团的最后预案就是从长安撤往洛阳。
如果要从长安撤往洛阳，那就要做到两点：一，阻击追兵让秦王府的人有时间撤退；二，长安城中的李世民支持者有时间和道路撤退。而要做到这两点，芳林门必须控制在李世民手中。
不过撤往洛阳是对最坏情况的保险预案，李世民还是希望在玄武门和宫内解决问题。因此李世民精锐武将和士兵带到玄武门，而把芳林门交给高士廉临时武装起来的长安囚徒。
