在批斗中，“造反派”不停地让董加耕背《毛主席语录》。终于有一天，董加耕背错了一个字，给“造反派”留下了把柄，于是将他升级为“现行反革命分子”。
1971年，董加耕又被莫名其妙地打为“5·16骨干分子”，家中被抄，全家被隔离审查，他被关押达3年之久。在这次审查中，董加耕被罚站了整整18 个日夜，小腿肿得发亮！后来，周恩来了解到董加耕在深挖“5·16”事件中所受的迫害，要求为他平反，并提议增补他为全国四届人大代表。
1974年，周恩来在一次会议上见到董加耕，问他：“那些整过你的人，现在还和你在一起工作，心里感觉别不别扭？”董加耕只平平淡淡地说了一句：“不能以错对错。”周恩来听了，禁不住夸奖他说：“这样好，不愧是小董！”
在周恩来的关心下，董加耕成为国务院知青领导小组成员。从此，一度从政治舞台上消失的董加耕又时来运转。1976年9月9日，毛泽东去世，董加耕作为治丧委员会成员，被唯一特许在毛主席身边守灵七天七夜！
“文化大革命”十年，董加耕被整了4次，罗列的罪名有“刘少奇的黑标兵”、“走资派”、“反对毛泽东思想的现行反革命”等。
