中世纪的时候，爆发了历史上著名的“十字军东征”，由于当时欧洲土地少，人口多，导致生活资源匮乏贫穷，罗马天主教教廷为了扩张势力范围，发动对亚洲的侵略战争。十字军东征打着征讨异教徒的旗号，实则是欧洲人去东方寻找财富和土地，他们屠杀和驱赶当地居民，占领并建立耶路撒冷王国。
其中有意大利商人在耶路撒冷建立了一座名为“圣约翰医院”的基督教医院，起初，这个医院以救死扶伤为主，但后来加入了大量的骑士，从而走向了军事化的道路，医院骑士团（也就是马耳他骑士团）应运而生。
为了表彰医院骑士团对耶路撒冷的贡献，在1110年，罗马教廷承认骑士团的独立，之后医院骑士团宣布建国。后来在几次战争中，马耳他骑士团接连在战争中失利，失去了领土，四处流浪，直到1834年才在罗马租到了土地，修建了“马耳他宫”。
现在马耳他骑士团主要从事慈善活动，管理医院，照顾难民和战争中的伤残者。他们在世界其他国家经营着几十所教会学校和医院，还面向全世界做募捐、做慈善捐款。
除此之外，他们还有两个收入来源，一个是前文提到的出售骑士爵位，另一个就是发行邮票，收入都很可观。马耳他骑士团还与世界上一百多个国家建交，但中国并不承认马耳他骑士团是一个国家。
