即位后的朱棣，也曾说要以皇帝之礼厚葬朱允炆，但最终却没有付诸任何行动，整个南京城也只有朱元璋和朱标的陵墓。他后来迁都北京，也安息在那片土地上了。其实朱棣知道，朱允炆并有死，而是逃出了南京，后来他也暗中派人寻找了很久，毕竟是皇位来得不正，始终担心朱允炆突然有一天会蹦出来，到那时说什么都晚了。据说连海外都不放过，在郑和下西洋的队伍里也有朱棣的探子，就因为听到朱允炆逃到海外的消息，为了以防万一，决不放过任何一个线索。
而且在《明史纪事本末》、《明史考证》等史料里均有记载朱允炆并没有死，而是在大臣的保护下从密道逃出南京的。乾隆四十二年重修的《明史·恭闵帝纪》中也记载道：“都城陷，宫中火起，帝不知所终。棣遣中使出后尸于 火，诈云帝尸”。可见这就是朱棣的一场称帝计划。但是如果朱允炆真的没有死，那他去了哪里？为什么不站出来呢？这个悬案600年来一直未被破解，直到2010年，才有所发现。
