在当年唐武宗李炎的统治时期中，又一度开展“烧经灭佛”的举措，导致在开化寺被毁，其背后没有遮掩的蒙山大佛也因此受到了影响，常年暴露在外，饱受风雨和烈阳的摧残。损坏程度让人望而生叹，而对于蒙山大佛来讲，最大的磨难还是在元朝的末年。
因为之前李炎的统治导致了开化寺一度被毁，公元895年以及公元945年都进行了两次修整，到了公元990年，更是新建了两座二丈释迦牟尼舍利塔，可是到了元朝末年由于战乱的影响，全部都不复湮灭，就是连蒙山大佛的佛首也凭空消失不见，史料和文献根本找不到任何关于佛首的记载，这一场磨难导致开化寺和佛像的关注再次低入了谷底。
到了明朝公元1385年的时候，当时的晋恭王朱棡，为了能够宣扬众生，于是便广修庙宇，重塑金身，开化寺也在其中一列，等开化寺竣工完成后，晋恭王朱棡又把开化寺改名为法华寺，但是其背后的高63米的蒙山大佛却慢慢的消失在了历史长河中，被世人所遗忘。