当然了，这个项目也有一些质疑的。北京青年报就采访过复旦课题组，问课题组是如何确定的基因。课题组回答：从现代曹操后裔身上提取DNA，然后通过古DNA验证，在法医学上是可以认定的，错误率只有千分之三。如果想要推翻复旦大学的结论，那么必须有足够的证据证明现在的曹参后裔、夏侯后裔都被冒名顶替了，否则没有证据推翻复旦大学的结论。
对于这个结论，很多网友最想问的就是这个课题有存在的必要吗？我也比较好奇，好在北京青年报替我们想复旦大学问了。复旦大学课题组表示：可以回答“我们是谁”、“我们从哪里来”这样的问题。好吧，恕我无法反驳。较真的北京青年报还问了一个最敏感的问题：这个课题花了多少钱？复旦大学课题组表示：关于曹操DNA这个课题没有立项，花费不大。好吧，花费确实不大，但是在全国范围内抽样调查，这必然要花费大量的时间。课题组的专家都是重金培养的人才，这些人花长时间干这么无聊的工作，这难道不是资源浪费吗？
