在晚年的时期里，身体被爆发了出来。在公元646年，这高僧就在长安圆寂。去世后，尸骨就被埋葬在西安城东的白鹿原。后来的五年里，他的遗骨就被护送到了大唐护国兴教寺。不过，因为历史的久远，最终玄奘的遗骨还是遗失了。在1943年时期，日本发现了一件物品，经过了专家鉴定就是玄奘头骨。
而后日方预想将其偷偷运回国内，但是最后事情还是走漏了风声，汪伪政府与日本军方进行协商，将头骨分为三份，保存在不同国家。不过，这三份头骨，也已经多次被进行分割，保存在多个著名寺庙内。玄奘法师的晚年生活，并非是很安宁。当然，虽说头骨被保存了起来，代表着佛教的意义。但是佛教的发扬光大，并非是寄托这种方式，而是需要有心人继续去传递，才能将其继续传承下去。
