万历四十八年三月，朱翊钧因长期酒色无节，加上辽东惨败，国事困扰，终于病重不起。七月二十一日，在弘德殿去世，终年五十八岁。二十二日发丧，二十三日颁布遗诏，命皇太子朱常洛嗣位。九月初十日尊谥号神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号神宗。十月初三日，安葬于定陵。
直到上世纪五十年代，我国考古人员对明定陵进行了发掘。
关于这次考古活动，民间流传着颇多流言：
一是参与发掘的考古人员在后来的几年里相继离世，均遭遇不测；
二是一些当地村民盗走了万历皇帝的棺材板，后七名村民离奇死亡。
由于，这是新中国成立以来，我国考古人员首次对帝王陵进行的发掘，所以，缺乏文物保护的经验，再加上，当时正值一段敏感时期，以至于，许多文物遗失，这是毋庸置疑的事实。