然而，一次超级自然灾害降临了，可以说这次自然灾害毁灭了明朝，也毁灭了中国人几百年的幸福生活，从此只能过着极度贫乏的“灾难期”生活。这个灾难就是明朝小冰河气候，表现为整个亚洲气温骤降，广东等地都开始下雪，夏天则洪涝严重，引起了全国乃至于全世界范围内的动荡。
小冰河期首先影响到的还不是明朝，而是北方的游牧民族和渔猎民族，他们无法在自己的土地上生存了，极度的低温让牛羊死伤惨重。没有粮食储备的他们，为了生存，发起了对长城一次又一次的进攻，哪怕明知必死，也要争取南下来获得一丝希望，这给本来税收十分不足的明朝加上了沉重的军事负担。
而明朝内地也受到了气候的直接影响——粮食减产。异常的气候导致河北河南，陕西甘肃这些北方省份几乎颗粒无收，与此同时，由于辽东战乱，明朝不得不向这些颗粒无收的百姓加税。这就是引发全国性农民起义的根本原因：既不是因为崇祯的昏庸，也不是因为官员的压榨，而是气候乱了。
与此同时，低温导致了疾病的流行，在明朝的华北地区，鼠疫、瘟疫大规模爆发，连京城附近都大量的感染。这一方面导致明朝为了救灾必须再一次增加财政负担，另一方面也让明军的战斗力大大下降——瘟疫可能直接把一支队伍消灭掉，这些故事可以在电影《大明劫》当中看得到。
