时间推移，来到1866年，当时的总理衙门才仿照外国的旗帜，制定了第一面国旗，这种旗仍旧为三角形，以正黄色为底，四边辅以青蓝，中绘青龙，左衔红日，这正是大名鼎鼎的大清黄龙旗是也。
当然，从外国人的角度来看，这种绘着"蛇形怪兽"的旗帜，属实不是一种好的旗帜。
上图_洋务运动中，清设立总理各国事务衙门
首先，在当时海上行船的惯例来看，竖立黄旗，有请求其它船只的医生出手相助的意味，何况在当时甚少有旗帜会采用尖头的设计。康有为就曾经满是讥讽的说道"彼以龙为大兽，黄为病旗，不见敬重，反为轻讥，将来在所必改者也。"
随后，1888年10月3日，慈禧太后正式批准了《北洋海军章程》，并且规定大清海军军旗"黄底蓝龙戏红珠图"为大清国旗，从此，大清国旗尘埃落地，在随后的数十年里飘扬在中国各地。
上图_1889年美国海军上《海上旗帜手册》绘制的黄龙旗样式
其实关于大清黄龙旗的起源，还有一种有所不同的说法，据说在咸丰年间就已有三角龙旗了，所谓"至旗之有龙，实始于咸丰"。持这种说法的人认为，有位自美而来的使者，叫做威廉，当时广东一带海上多海盗，因此很多中国商人行船时会冒挂洋旗来寻求庇护。这个威廉就上书大清政府，希望大清政府快点设计自己的国徽国旗，方便大清的商人行船使用。于是，大清的官老爷们顿觉丢脸，于是交由礼部来拟定国旗。因为中国人喜欢龙旗，所以一开始确定了红底三角形的龙旗。
