朱棣在南京直接进行了“清宫三日”，等“见到”了建文帝朱允炆被火焚烧的尸体之后，朱棣抱着这具尸体大声的哭道：“咱们叔侄两有什么事都好商量，又何必走到这一步呢，你怎么这么不懂事呢!”也正是在这之后，朱棣开始大肆的诛杀宫中与朱允炆关系不错的宫女妃子以及一些大臣，除了那些曾经得罪过朱允炆的宫女太监才幸免于难。
而在这一次诛杀中，总计死亡人数有两种说法，一种是1000人左右，另一种是3000人，其实对于这些数据并不重要， 小甲更倾向于1000人左右的，当时的朱允炆在后宫妃子方面并不是那种纵欲的，所纳妃子数量也并不是很多，大多数都是以宫女太监为多。对于朱棣为何要诛杀这些妃子宫女等等人员，在 小甲看来最主要的原因还是要斩草除根，以雷霆手段震慑住那些内心偏向朱允炆的臣子们。
而且那具尸体在朱棣心里也是十分的清楚，到底是不是朱允炆的尸体谁也说不清楚。为了避免以后麻烦，直接将他后宫的女性全部斩杀，一来让他后继无人，二来，直接逼迫别人认可那具尸体就是朱允炆，不论真假。这也就是朱棣为何不直接登基的原因，总要找一个名正言顺的理由才能登基啊。
