在结尾工程期间，公元前210年，秦始皇驾崩，他的儿子胡亥继续命人修建陵园，但是在这个时候爆发了农民起义，打到了距离陵园不足数华里的戏水附近，因此秦二世命令时任少府，为秦朝军事支柱的章邯率领修陵大军镇压起义军。
秦二世二年（前208年），秦始皇陵草草完工了，但是还不到两年的时候，秦始皇陵就遭遇了劫难，若是秦始皇陵泉下有知，恐怕都得冒青烟。
据《史记》、《汉书》记载，西楚霸王项羽进入关中后，大规模破坏了秦始皇陵，使得地面建筑毁于一旦，并且挖掘了帝陵，不过汉王刘邦称帝，开辟汉朝后让20户人家居住在秦始皇陵附近，作为守陵人看管陵园，之后，各朝各代的皇帝都对秦始皇陵下令保护。
虽然历来也有秦始皇陵被盗掘的传说，但是自上世纪70年代秦始皇陵兵马俑出土后，考古专家进行科学发掘与勘测后，认为秦始皇陵的地宫并没有被盗过，原因是秦始皇陵中存在大量的水银。
不过兵马俑的考古发掘情况表明，一号俑坑和二号俑坑都存在有黑色木炭遗迹，说明一、二号俑坑的塌陷是因为被焚烧后造成的。兵马俑不过是秦始皇陵的一小部分，但是规模已经非常大，并且为现今考古研究提供了许多历史材料。
