民众的怀疑并无道理，当天晚上除了父亲之外，另外三家父母都曾离开餐厅回家看小孩，马德琳的父母也曾将钥匙交给他们，方便他们帮忙观看孩子的状况，因此可以说人人都有犯罪嫌疑，但却都没有证据。最重要的是，孩子依然没有找到。当时，全国上下加上各界社会人士，总共捐了百万英镑作为悬赏金，得来的却只有假消息。
2007年9月，马德琳失踪的一百天之后，警方突然投下一枚震撼弹，他们表示，亲生父母凯特和盖利很有可能就是凶手。尤其母亲凯特，孩子失踪后，她的反应很不对劲，第一时间不是报警和大声呼喊朋友，而是慢慢走回到餐厅，连门都没有关上，完全不顾两个双胞胎还在里面睡觉；回到英国后，盖利接受媒体采访、和志愿者一起发传单、到教堂祈祷，而凯特只在家里不停洗衣服和打扫，似乎在消灭证据。
不过，让 警方判定父母有嫌疑的关键是两只搜救犬，它们能够精准嗅闻出血迹和尸体的味道。一进到马德琳一家当初订的度假套房，两只狗很快兴奋起来，到处查看，一只狗闻到了血迹的味道，另一只狗在主卧里发现凯特的上衣、一盒硅胶手套等等，最后还在龙凤胎弟弟的红色上衣上闻到了尸体的味道。
隔天，两只狗被带到租车公司的停车场，他们在一台租用车的后车厢闻到血迹的味道，而那台车就是凯特和盖利在女儿失踪后三周在 的代步工具。警方在车内采集到一些毛发纤维，还有微量的血迹后，做了DNA比对，结论是高度相符！