1869年，倪桂珍出生于浙江余姚的一个知识分子家庭。受家庭风气的影响，倪桂珍从小便笃信宗教。长大以后，倪桂珍进入裨文女子中学读书。在读书期间，倪桂珍的同学对她经常读《心经》、《大悲咒》感到很不理解。在她们看来，倪桂珍就像是一个尼姑。因此，她们也在背后叫倪桂珍为尼姑。
而对于这些风言风语，倪桂珍毫不在意。她把全部心思都用在学习上。由于天资聪颖，倪桂珍的学习成绩很好，是裨文中学的优等生。1886年，倪桂珍从裨文女子中学毕业，并留校任教。在教书期间，倪桂珍认识了一个叫宋嘉树的人。交往一年以后，倪桂珍与宋嘉树在上海结婚。
