最后专家又在小乘佛教中，找到了船屋内频频出现的奇怪符号，原来这些符号都是佛教的“万字符”。这是因为天地会尊万云龙为始祖，所以天地会的兄弟都称自己姓万，而这“万字符”的出现就是这个意思。而形状类似船舵的图案，也代就是表着把握“洪船”方向的寓意。船屋之所以坐西朝东，目的是把船头指向北方，也是一种“反清复明”的象征。
经过专家反复的论证之后，这个船屋就是让清廷头疼不已的“天地会”的秘密据点，而房屋四通八达的设计，也是为了方便逃跑。天地会长期受到清廷的追杀围剿，这正是把船屋建在深山里的原因。根据记载，充当天地会联络机构的，还有寺庙，由此可以推断，船屋主人墓地所在的寺庙，一定也担负着特殊的使命。只是那么他们为何突然消失了呢?根据《清实录》记载，公元1844年，江西，福建发生了“天地会”洗劫官府盐茶税的事件，清朝随之展开了大清洗，而这一年船屋刚好建成，也许他们的突然消失就和此有很大的关系。