关于瓦屋山迷魂凼之迷，网络上曾有不同的解释。比较有代表性的是下面的几种。在本文的最后，把这些说法列举于后，供大家研究。
传说——瓦屋山迷魂凼是五斗米教的创始人张陵，当年在瓦屋山传教的时候，设置的八卦迷魂阵。当然，这仅是传说而已。
磁场说—— 在瓦屋山迷魂凼出现的各种奇异事件中，罗盘失灵是最常发生的。这使人把它和地磁异常联系在一起。地球的磁场有两个磁极，即地磁南极和地磁北极。但它们的位置并不是固定不变的，而是在不断变化中。地磁异常容易造成罗盘失效。但瓦屋山的磁场来源，却有不同的说法。有说是月球对地球潮汐作用，有说是地下藏有巨大的陨石等。
瘴气说——瘴气是指人在森林中缺氧，出现头晕等中毒症状。可能是动植物腐烂在沼泽地产生甲烷等有毒气体所致。
视幻说——出现这种现象时，人的视觉上感觉周围景观完全一样，没有方向参考，同样的情景在不同地方出现。可能是同样的地形、植被在这个区域不断复制所致。
当然， 这些仅仅是假说而已，而且，每一种假说只能解释某种现象，而无法彻底解开瓦屋山迷魂凼之谜，这也正是瓦屋山吸引世人的神奇魅力所在。