新冠最早测序者:去年12月前病毒或已在“隐秘传播”中突变(3)

2020-03-30 09:26     澎湃新闻

作者们写道:由此得出的简单推论是,我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。

此外,尽管96%-97%的序列相似性听起来像上述一些蝙蝠病毒和新冠病毒密切相关,但事实上这可能代表了20多年的序列进化。因此,几乎可以肯定的是,更多的采样将确定更多的与新冠病毒关系更近的蝙蝠病毒。

他们强调,在未来新冠病毒溯源过程中的一个关键的问题是,来源于蝙蝠或任何其他动物物种的病毒,是否包含在新冠病毒中发现的关键的RBD突变和相同的弗林酶切位点插入。

除了蝙蝠之外,科学家也要重视中间宿主的作用。尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主,但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能。在中间宿主中,新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变。在SARS和MERS事件中,果子狸和骆驼分别扮演这样的角色。

他们认为,为了确定中间宿主可能是什么,有必要对来自华南海鲜市场或生活在接近人群的动物进行更广泛的采样。

香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授的团队最近的研究成果显示,他们在走私到中国南部(广东和广西)的马来亚穿山甲中发现了与新冠病毒密切相关的病毒。“它们携带着一种和新冠病毒相关的病毒,这强烈表明,更多样的β冠状病毒存在于大自然的多种哺乳动物中,但尚未取样发现。”张永振等人表示。

新冠病毒或有过一段在人群中的“隐秘传播”阶段

值得注意的是,作者们在文章中提及,基于他们过于研究冠状病毒的经验,除了在动物宿主中发生演化外,早在2019年12月之前,病毒可能已经在在人群“隐秘传播”(cryptic spread)阶段发生了一些关键突变。

具体来说,这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早,甚至不一定是最早出现在武汉,但由于无症状感染现象而未被检测到。病毒在人传人过程中逐步演化出了关键突变,可能包括上述的RBD和福林酶切位点插入,从而变得完全适应于人类。“直到发生了更多的肺炎病例,我们才能够通过常规监测系统发现COVID-19。”

他们认为,对呼吸道感染的回顾性血清学或宏基因组学研究将有助于确定这种情况是否正确,尽管这样的早期病例可能永远不会被发现。

另一个备受关注的问题是,新冠病毒是否是重组病毒,这种重组是否可能促进了其出现。例如,有证据表明新冠病毒、RaTG13和广东穿山甲之间存在重组,而RmYN02的基因组也同样受到重组的广泛影响。

然而,他们认为,试图确定重组事件的确切模式和基因组起源是困难的,特别是因为许多重组区域可能很小,而且随着对更多与新冠病毒相关的病毒取样,它们很可能还会发生改变。“为了解决这些问题,有必要再次对动物种群中的病毒多样性进行更广泛的采样。”

张永振等人还讨论新冠病毒目前的基因演化。新冠病毒是一种RNA病毒,相对容易发生突变,很明显病毒基因组未来会出现更多的突变,这也会帮助追踪新冠病毒的传播。“然而,随着疫情的增长,我们的序列样本量相对于病例总数可能会非常小,以至于很难追踪明确的人际传播链。”

另外,尽管冠状病毒的突变率可能比其他RNA病毒要低,但它们的长期核苷酸替换率与其他RNA病毒相同。这表明,较低的突变率在一定程度上由病毒在宿主体内的高复制率弥补了。

虽然没有证据表明这种变异的能力将导致任何表型的激进变化,例如传播性和毒力。但是,他们认为监视病毒传播过程中任何表型的变化显然是重要的。

作者们还推测,COVID-19病例数和病死率的任何下降更可能是由于人群免疫力的提高,而不是病毒的突变。

作者们最后总结道,目前,已有四种地方性的冠状病毒株在人群中流行,即229E、HKU1、NL63、OC43。“新冠病毒似乎不可避免地将成为人类中第五种地方性冠状病毒,并且目前正在一个完全易感人群中传播。”所谓的地方性疾病,指的是局限于某些特定地区内相对稳定,并长期性经常发生的疾病。

冠状病毒显然具有跨越物种界限和适应新宿主的能力,尽管与其他一些RNA病毒相比,冠状病毒为什么会有这种能力尚不清楚。“这让我们能更直接地预测,未来会出现更多的冠状病毒。”

他们提醒,至关重要的是,对动物冠状病毒的监测应不仅限于蝙蝠,因为中间宿主的作用可能非常重要,它为病毒在人类中出现提供了更直接的途径。

另外,考虑到野生动物中病毒巨大的多样性及其正在发生的进化,降低未来暴发风险的最简单和最经济有效的方法或许是,尽可能地限制接触动物病原体。

“虽然我们与动物世界的亲密关系意味着我们无法建立牢不可破的壁垒,但对非法野生动物贸易采取更强有力的行动,并将所有哺乳动物(或许还有禽类)野生动物从市场中清除出去,将提供一个重要的缓冲。”张永振等人表示。

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