第二位未能葬入十三陵的皇帝，便是朱元璋之孙、明朝第二任皇帝朱允炆。朱允炆于1398年6月30日在南京继位，他继承了父亲朱标温顺腼腆的性格，论谋略、论武力都比不上他的几位叔父。他喜爱儒道、向往仁政，然而却用人不善，想法皆是纸上谈兵、不切实际，也为后来的悲惨结局埋下了祸根。
朱允炆的其中一位叔父便是燕王朱棣。朱棣自小便接受优秀学者和佛教和尚的最好通才教育，在明朝大将们的辅弼之下也表现出不凡的军事领导才能，但也逐渐养成了自命不凡、目中无人的品性，因而在父亲朱元璋将皇位传给其兄长之子朱允炆的时候，朱棣自然很不服气。
为巩固皇权，朱允炆先后废除了五个举足轻重的藩封，独留燕王朱棣，做谨慎打算，而朱棣也因此有了招兵备战的机会。朱棣听从道衍之计，暗中招募扩充军队，步步为营，直至1399年6月朱允炆终于准许他三个儿子回到他身边，朱棣终于决定出兵谋反。同年7月，朱棣打着“清君侧”的旗号掀起了一场长达三年的腥风血雨，史称“靖难之役”。
建文四年6月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕王进京后，宫中起火，朱允炆下落不明。一说朱允炆死于大火，或说其由地道逃脱，落发为僧，云游天下；又有一说他逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找朱允炆。无论如何，朱允炆的真正下落已不可考究，成为明史上的一大悬案。也正因此，明十三陵中便没有朱允炆。
最后一位便是景泰帝朱祁钰。朱祁钰的一生也可谓是可悲可叹，其兄长朱祁镇即位后，他被封为郕王。正统十四年(1449年)，朱祁镇御驾亲征，留他为监国，结果突发土木堡之变，朱祁镇被瓦剌俘虏，一时之间震惊朝野，京城人人自危。
