孙科从小在国外长大，颇有些洋人性格。
当时人总结说：“蒋介石会客，客人说话，他不说；汪精卫会客，客人说一半，他说一半；胡汉民会客，客人不说，他说；而孙科以脾气大著称，会客时则两不说话。”这说明孙科存在一定的沟通障碍，情商不高。
在广州市长任上，孙科很下了一番功夫，规划了市区范围和城市人口，在市政厅下设公安、工务、财政、教育、卫生、公用六局，其中“公安局”、“公用局”为他首创，广州这座千年重镇，由孙科推动，焕发了新的生机。
民国时的广州
孙科曾自豪地说，那时“环顾国中，规模略备者，实自我广州始；自斯而后，市政一语风靡南北，研究试验者日渐盛。”周兴樑教授也认为，孙科是中国近代城市制度的开创者。
26岁的孙科，年少成名，以脾气大著称。
孙中山的助手胡汉民总结说：“因为他是孙中山先生之子，所以有革命脾气；因为他在国外长大，所以有洋人脾气；因为他是独子，所以有大少爷脾气。他有时只发一种脾气，有时两种同发，有时三种一起发。”
按胡汉民的说法，孙科发脾气至少有七种不同的组合方式，这都是他亲自体验、多次身受其害，才总结出来的。
孙科
1923年，孙科与代行大元帅职务的胡汉民不和，屡次发生争吵。胡汉民委屈之下，向孙中山提出辞呈。
孙中山正在惠州前线督战，离不开胡汉民，他知道孙科脾气太坏、容易得罪人，就多次写信给孙科，劝他以大局为重、同舟共济，“军事仍然紧急，务要一心一德，共维危局”。
然而，孙科刚答应没几天，和胡汉民的矛盾就激化了。
当时孙中山缺少军饷，命令胡汉民以大元帅名义发出手令，到孙科的广州市政厅提款20万元，作为军饷发给滇、桂联军，前去攻打盘踞惠州的陈炯明。
胡汉民怕孙科不肯支付，命孙中山的侍卫副官张猛持手令到市政厅提款，哪知孙科看了一眼，就把手令撕得粉碎，骂道：“我不会印银纸，哪里有这么多钱？”
当天下午，滇军和桂军首领都打电话称军饷未至，孙中山一问胡汉民和张猛，才知道孙科不肯发饷，他找来孙科痛责一番，斥他不明事情轻重。
孙科挨骂后，要寻人出气，跑到二楼大骂胡汉民假借命令索钱、挑拨他们父子不和，还拿起手杖往胡汉民身上打去，胡汉民一闪身，手杖落到办公桌的玻璃板上，发出巨响，惊动了三楼的孙中山。
孙中山走下楼来，见此情景，痛心得几乎落泪，他见儿子根本不受教，长期与自己人搞不好关系，怒不可遏，一把夺过卫士的驳壳枪，瞄准孙科就要开枪。
孙科吓得慌忙逃走，孙中山提着枪，直追到帅府大门口，连拖鞋也甩掉了。还是李烈钧等人闻声赶来，才把孙中山劝住。
胡汉民是当时国民党的第二号人物，他对刚回国的孙科颇为欣赏，极力支持他出任广州市长，还在别人攻击他的时候多加回护。而孙科自认是孙中山之子，留洋博士，对父亲的助手极不尊重，孙中山感到“恨铁不成钢”，才会如此动怒。
