当时的矿工们在奈卡附近山脉之中的矿洞里开采铅矿和银矿的时候，意料之外的发现了这个非常神秘的水晶洞，洞穴中布满了11米之长的，重55吨的大型水晶，没有任何疑问，这是至今为止，人类发现的世界上最大的天然的水晶。
据相关资料显示，在大约前2600万年，奈卡山脉的附近出现火山频繁活跃，一带充满了许多的高温硬石膏灰，每当山脉下面的岩浆冷却之后，或者温度有所下降，硬石膏就逐渐开始溶解，硬石膏慢慢的把硫酸盐，钙分子与水浓缩，数以百年的沉积在这个山洞洞穴内，从而形成了无比巨大的透明的石膏晶体，后来才逐渐形成了这个世界上最大的水晶洞穴，墨西哥的奈卡水晶洞。
奈卡水晶洞深度到达1000英尺，洞内布满了无比壮观的会发光的巨型的石柱体，最大的有松树那样壮，全部均为半透明的银色以及金色，水晶洞里的水晶晶体形状令人们叫绝惊叹，晶体的形成因为含有丰富硫酸钙的地下水源，因为地下一英尺的地方全是岩浆，在岩浆的持续加热之下，含有丰富硫酸钙的地下水就开始逐渐蔓延整个洞穴内，数百年如一日的渗透着，逐渐形成了这个石膏水晶洞。