历史上的令妃，薨逝于乾隆四十年，距离清东陵被盗掘已经150多年之久，其尸身依然够能保持“丝毫未腐”，甚至“笑容圆相”清晰可见，说明其体内留有类似水银等相当浓度的化学药物。这种化学药物的出现，有两种可能：1、令妃生前被人下毒谋害;2、令妃死后被人药物处理。乾隆三十八年，乾隆皇帝将令妃所出皇十五子永琰，秘密立为皇位继承人，写入传位诏书;而令妃则“巧合”的病逝于两年以后的乾隆四十年。鉴于前朝历代帝王为避免“母壮子弱”而出现母后擅权或外戚专权等灭国之因，后世诸多学者猜测或许是乾隆皇帝狠心将令妃毒杀。
但同时，历史上的令妃曾经在10年之内为乾隆皇帝繁育6胎：四位皇子、两位公主;曾经稳居“摄六宫事”皇贵妃之位长达10年之久;曾经获得乾隆皇帝长达20年的盛宠。由此，也有学者推断，或许是乾隆皇帝出于对令妃故去的悲痛，命人在其薨逝后予以药物处理，以求长期保持其笑靥容颜。历史上的乾隆皇帝，在原配嫡后孝贤纯皇后富察氏崩逝后，性情大改、风流成性，六次南巡更是留下无数香艳故事。再加上后世对于乾隆皇帝多以负面评价为主，以致逐渐坐实了乾隆皇帝无情毒杀令妃魏佳氏的历史真相。
