在1898年5月，美军舰队开抵菲律宾，将西班牙在当地的一支10艘军舰的舰队歼灭，重创了西班牙军队，果然正规军出手就是不一样。在美军的帮助下，当地反抗军很快发起新的攻势，还俘虏了西班牙军队司令培尼亚将军，到8月，菲律宾全境基本解放，只有马尼拉等少数地区。此时美国暴露出他的真实目的，美军和西班牙军队私底下接触，要求西班牙“转让”马尼拉给美国，实际上美国就是想要得到一块“合法”的基地而已。
美西战争油画
1899年1月，菲律宾全国上下正在庆祝国家解放独立了，美国开始了大举入侵，2月双方就从昔日的战友变成了对手。失去了外援的菲律宾军民不是美军的对手，很快就呈一边倒的趋势。1901年3月，菲律宾首都陷落，有组织的抵抗已经没有了，只剩下散兵游勇还在坚持抵抗。
日军进入菲律宾
接下来几年的时间里，双方的战斗都没有停息，全国各地的反抗作战一直持续。到1906年时，美国对外宣布菲律宾战争停止，实际上在1908年还有大的战事爆发。这场战斗美军总共派出了将近11万军队，战死4千多人，伤2千多人，另外还有美国舰队支援；菲律宾方面直接战死者约1.6万，间接死亡人数约20万，其中包括美军的屠杀。
